芦笋。新鲜芦笋富含包括维生素C在内的多种抗氧化营养素。挪威《斯堪的纳维亚农业学报》刊登一项新研究发现，微波炉加热会导致芦笋中维生素流失。因为维生素C和B族维生素属于水溶性维生素，稳定性更差，遇水、遇热、遇光容易遭到破坏。

母乳。很多妈妈将母乳挤入奶瓶存入冰箱，使用时再用微波炉加热，这容易导致其中重要营养素减少。美国《儿科》杂志刊登一项研究发现，微波炉加热的母乳中含大肠杆菌的危险比其他方式加热高18倍。

西兰花。西兰花是最常见的微波食物。然而，美国《食品和农业的科学杂志》刊登一项研究发现，用微波炉烹饪西兰花会导致其中抗氧化成分减少97%。而用燃气灶烹饪西兰花只会导致其中抗氧化物减少11%。

干辣椒。干辣椒中的辣椒素具有挥发性和不稳定性，微波加热很容易着火。微波加热过程中，干辣椒散发出的化学物质会刺激眼睛和嗓子。

冷冻水果。美国《生物电磁学》杂志刊登一项研究发现，用微波炉解冻冷冻水果容易导致有益健康的葡萄糖苷和半乳糖苷转变为致癌物质。冷冻水果的最好解冻方法是常温下自然解冻。

大蒜。美国《营养学杂志》刊登一项研究发现，微波炉加热1分钟就会摧毁大蒜中的活性硫烯丙基化合物，使之失去应有的抗癌作用。大部分的蔬菜尤其是绿叶菜如果用微波炉加热，都有可能存在营养素流失过多的问题，因为蔬菜中维生素C等营养素对光热较为敏感。而肉类、蛋类、主食类用微波加热，营养损失较小。